Самая древняя церковь Парижа. Некоторые мраморные колонны внутри сохранились с VI века. Колокольня и хоры относятся к XII веку, большая часть убранства - к XIX. Церковь - тогда еще базилика - была заложена в 543 г., а в VIII веке вокруг нее выросло влиятельное бенедиктинское аббатство.
В Сен-Жермене покоятся автор знаменитого трактата "Поэтическое искусство" Никола Буало, сформулировавший жесткие правила литературы классицизма; Рене Декарт и польский король Ян-Казимир, бывший после своего отречения аббатом Сен-Жермен.